Je connaissais, depuis bien longtemps, et avec la première version.
Plus en détails même : Kilroy aurait en fait pour habitude de marquer d'un trait de craie les rivetages inspectés. Mais les ouvriers étaient des petits plaisantins et s'amusaient souvent à effacer les traits pour lui faire des blagues. Du coup, il a décidé d'écrire "Kilroy was here" en entier, histoire de décourager les ouvriers d'effacer une inscription aussi longue, et donc pour enfin être sûr d'avoir déjà inspecté un rivetage.
Comme précisé, les soldats dans les bateaux, eux, ne savaient pas ce que cela signifiait et l'ont tourné en blague. Pour ce qui est du dessin, par contre, cette version n'explique pas comment il s'est rajouté à la phrase.
Toujours est-il que non seulement c'est devenu une blague de militaire et un meme Internet, mais cette phrase (parfois accompagnée du dessin, voir le dessin seul) a commencé à apparaitre dans divers films et jeux vidéo. J'ai d'ailleurs été très excité quand j'ai trouvé moi-même tout seul comme un grand le dessin taggé sur certains murs dans Deus Ex : Human Revolution (faudrait que je retrouve la photo de mon écran^^).